城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）
凯斯特（尼古拉斯•凯奇 Nicolas Cage 饰）是一个恐怖分子，他本想杀死探员西恩（约翰•特拉沃塔 John Travolta 饰），却误杀了西恩的儿子，西恩更与凯斯特结下不共戴天之仇。在逮捕凯斯特归案之后，他以为可以划上句号，却得知凯斯特已经把一枚毒气炸弹投放在某个人群密集的角落。
为了查出炸弹地点，西恩决定利用整形手术，将昏迷中的凯斯特的脸换在自己身上，去假扮凯斯特身份套出他弟弟说出真相。这件事属于FBI高度机密，只有寥寥几人知情。
凯斯特醒来，此时他有着西恩的面相。于是他决定将计就
